Сюжет в Red Alert берёт начало спустя некоторое время после Второй Мировой Войны. Альберт Эйнштейн разрабатывает машину времени, получившее название "Хроносфера”, и использует её, чтобы убить Адольфа Гитлера и остановить войну. Но его планы рушатся. Ничем не сдерживаемый Иосиф Сталин, во главе Советского Союза, предпринимает массивное наступление на Европу. Союзники должны остановить его до того, как он захватит весь мир.